Het Koetshuis stamt uit het jaar 1657 toen Leiden nog een lakenstad was. De kooplieden kwamen per koets van heinde en ver om hun waren “de lakens” te verkopen. Soms waren de kooplieden dagen onderweg. Het Koetshuis werd dan gebruikt om de koetsen in te stallen.

Naast Het Koetshuis was “het Herenlogement” waar de kooplieden overnachten. In het jaar 1778 werd het departement Leiden van de Nederlandse Maatschappij van nijverheid en handel opgericht. Tegenwoordig is dit de openbare bibliotheek van Leiden.

Het Koetshuis ligt aan de voet van de historische Burcht. De Burcht is opgebouwd in het jaar 1100.

Door de opbouw van de Burcht werd de oude en nieuwe Rijn gesplitst. In 1980-1981 kreeg het Koetshuis toestemming om er een café restaurant te vestigen. Dit werd feestelijk geopend door Koningin Beatrix op 19 mei 1981.